Potom, čo sa Sonic usadil v Green Hills, je pripravený na väčšiu slobodu a Tom (James Marsden) a Maddie (Tika Sumpter) sa dohodnú, že ho nechajú doma, zatiaľ čo idú na dovolenku. Ale sotva sú preč, keď sa Dr. Robotnik (Jim Carrey) vráti, tentoraz s novým partnerom Knucklesom hľadať smaragd, ktorý má moc budovať a ničiť civilizácie. Sonic sa spojí so svojim partnerom Tailsom a spoločne sa vydajú na cestu za smaragdom, než sa dostane do zlých rúk.